羁绊系统是核心玩法之一，它允许忍者之间通过特定搭配激活额外的属性加成或特殊效果，这些搭配通常基于原作中的角色关系设计，例如家族联系、师徒情谊或团队合作。当玩家组队时，选择合适的忍者组合可以显著提升整体战斗力，带来攻击、防御或特定技能的增益，从而在战斗中占据优势并应对各种挑战，这种机制鼓励玩家深入理解角色背景以优化阵容配置。
围绕角色之间的固有关系来搭配忍者是一个常见策略，这些关系可能包括原作中常见的联系，如兄弟姐妹、挚友或宿敌，当这些忍者一起出战时可以激活羁绊效果，提供属性提升或伤害加成。搭配时需要关注忍者等级和羁绊等级的解锁条件，某些高阶组合需要角色达到特定等级或完成挑战才能启用，这要求玩家在培养忍者时注重平衡资源分配和进度规划。
基于忍者的职业或战斗定位进行组合是另一种有效方式，游戏中的忍者通常分为输出、防御或辅助等类型，通过搭配不同职业可以实现技能互补和团队平衡。例如将高伤害角色与控制或治疗角色结合，能确保队伍既有强力输出又有稳定的生存能力，同时职业羁绊还可以强化特定战斗风格，让玩家在面对多变战场时更具适应性。
阵营和势力也是重要的搭配维度，当来自同一组织或势力的忍者共同出战时，往往会触发阵营羁绊，为全队提供广域增益效果。这些组合通常包括原作中的经典团体，如知名忍者组织或国家势力，激活后能带来全队伤害加成或防御提升，但这种方式可能需要较高的角色收集度和资源投入，玩家需要在阵容灵活性和团队收益之间找到平衡点。
装备和技能的协同作用同样不可忽视，合理选择和升级装备能进一步增强忍者属性并与羁绊效果联动，从而提升整体阵容性能。玩家应注重基础装备的合成与强化，例如通过特定任务或挑战获取高阶装备来激活额外技能，同时结合忍者的技能释放时机，确保在战斗中最大化输出和控制能力，这些都是优化羁绊搭配的关键环节。
