原因可能源于对特殊战斗机制的理解偏差，尤其是未能满足其真正的击败条件。击败外星母舰的关键前提在于，必须首先彻底破坏其外部防护，通常被描述为四个罩门、弱点或装备。在彻底摧毁这些部件之前，对母舰本体的直接攻击，可能在视觉上会显示伤害数字，但往往无法有效削减其真实血量，导致玩家在将其生命值打空后，游戏系统仍判定为未完成核心目标，从而出现战斗失败的结果。这种设计意味着，即便是高效率的输出，如果攻击焦点错误，也等同于无效。
即便成功破坏了全部弱点，并开始对母舰本体造成伤害，在战斗的最后阶段未能有效规避其高威胁攻击，同样是导致功亏一篑的直接原因。外星母舰拥有一系列高伤害的广域攻击模式，包括具有明显前兆但范围极大的红色激光、难以通过常规走位完全避开的大范围密集弹幕、以及会自动追踪玩家的飞弹。这些攻击在母舰血量较低时依然会持续释放，若玩家在专注输出的过程中疏忽了自身的生存，例如未能及时开启护盾技能抵挡无法躲避的弹幕，或者在躲避激光和爆炸时走位失误，就可能在即将胜利的瞬间被击倒，导致战斗失败。
除了临场操作，战前的角色构建与资源管理也是影响最终成败的潜在因素。挑战外星母舰，尤其在其所处的守护神殿模式后期，是一项对角色综合能力有较高要求的战斗。如果角色的防御能力不足，例如没有携带能够抵御致命伤害的护盾技能，或者天赋选择上缺乏针对性的防御类天赋，在面对高频率攻击时会异常脆弱。在漫长的守护神殿流程中，如果武器配置不合理，未能形成有效的输出循环，或者在面对母舰时蓝量或生命值资源已近枯竭，都会极大增加在最终决战中失败的几率。
极少数情况下，战斗的异常结果可能与游戏程序本身的判定逻辑有关。虽然不常见，但在复杂的游戏场景和机制交互下，存在小概率出现数据显示或战斗胜利条件判定上的异常。在特定情况下，系统可能未能正确识别所有弱点已被摧毁的状态，或者伤害计算出现了非预期的偏差。守护神殿模式本身作为一个多波次的复合玩法，其最终胜利条件可能隐含了除击败母舰外的其他完整性要求。
