宝可梦交换是游戏的核心玩法之一，玩家需要通过GBA连接线将两台设备相连才能实现。具体操作流程为：双方玩家进入任意城市的宝可梦中心，与二楼右侧的服务员对话选择精灵交换功能，随后挑选需要交换的宝可梦即可完成操作。需部分宝可梦（如豪力、鬼斯通等）必须通过通讯交换才能进化，因此提前规划交换对象对图鉴收集至关重要。交换过程中宝可梦的等级、技能和亲密度会保留，但训练家信息会变更为接收方的ID。
游戏中的通讯交换还涉及特殊道具获取。例如在枯叶市的圣安奴号游轮事件后，玩家可获得船票并前往七之岛，这里隐藏着需要交换才能解锁的剧情。彩虹市百货大楼顶层的伊布、正辉赠送的船票等关键道具，均与后续的交换任务或跨区域剧情相关联。若想完成全图鉴，建议优先处理这些支线内容。交换前务必确认宝可梦未携带重要道具，因为部分道具（如学习装置）在交换后会自动返回背包。
关于交换的硬件要求，由于火红版是GBA平台游戏，现代玩家若想体验联机功能需使用支持本地联机的模拟器或原装设备。部分改版游戏（如1.5美化版）可能调整了交换规则，但原版始终依赖物理连接。交换过程中若出现中断，系统会提示通讯错误，需检查连接线状态并重新启动游戏。单机玩家可通过游戏内NPC的固定交换获取部分限定宝可梦，例如尼多兰与尼多朗的互换，这类交换无需联机即可完成。
交换后的宝可梦会获得1.5倍经验值加成，这对培养高等级队伍很有帮助。但需注意，通过交换获得的宝可梦若等级过高可能不听从指令，除非玩家已获得相应道馆徽章。游戏后期在七之岛任务中，蓝宝石与红宝石的回收剧情也涉及NPC强制交换，这类剧情推进型交换通常不可逆，建议提前存档。宝可梦的个体值和性格在交换时不会改变，但技能机器效果可能因版本差异失效。
对于想深度体验交换系统的玩家，建议优先完成枯叶市电系道馆挑战以获得交换必备技能闪光。该技能能照亮岩山隧道等黑暗区域，方便玩家前往隐藏交换地点。游戏内所有固定交换NPC的位置均标注在城镇地图上，而通讯交换的宝可梦则建议选择能互补队伍属性的类型。最后提醒，火红版与叶绿版之间存在版本限定宝可梦，跨版本交换是集齐150种图鉴的必要手段。
